Zestaw do budowy modeli sklada sie z nastepujacych elementow:

• atomow Csp³ – model C_alfa i grupy metylowej
• standardowe grupy amidowe – do budowy lancucha beta
• specjalne grupy amidowe (atom O jest akceptorem wiazania wodorowego) – do budowy helisy alfa
• atomy H (biale) przygotowane do spiecia wiazan wodorowych w helisie alfa
• sprezynki aretujace do zahamowania rotacji katow phi i psi
• polkola odpowiadajace promieniowi van der Waalsa atomu H
• katomierz do katow torsyjnych

Zadanie polega na zbudowaniu modelu oktapeptydu AAAAAAAA w formie helisy 3.6₁₃

1. Atom N pierwszej alaniny pochodzi ze specjalnej grupy peptydowej (przedluzonej o wiazanie peptydowe i dodatkowa grupe karbonylowa w kierunku N)
2. Budujemy lancuch glowny przylaczajacy do N atom C_alfa, a do C_alfa atom C(O) specjalnej grupy peptydowej:

• po szostej specjalnej grupie peptydowej mozna uzywac grup zwyklych
• poczatkowo budujemy lancuch poliglicynowy, grupy metylowe lancuchow bocznych dolaczymy na koncu
• wiazania z udzialem atomow C_alfa musza zostac zaaretowane; w przeciwnym wypadku lancuch nie zachowa zadanej konformacji
• zwracamy uwage, aby formowane jednostki peptydowe byly w konformacji trans

1. Katom torsyjnym na kolejnych wiazaniach N-C_alfa i C_alfa-C nadajemy wartosci phi i psi z regionu wykresu Ramachandrana odpowiadajacego helisie alfa
2. Gdy w lancuchu znajdzie sie atom N czwartego aminokwasu, laczymy go wiazaniem wodorowym z polozonym o 4 reszty wczesniej tlenem karbonylowym; od tego momentu lancuch ulegnie znacznemu usztywnieniu (rola wiazan wodorowych!), a praca stanie sie znacznie latwiejsza.
3. Z kolejno dolaczanymi atomami N postepujemy podobnie
4. Gotowy lancuch oligopeptydowy uzupelniamy grupami metylowymi alanin; zwracamy uwage, aby tworzace sie aminokwasy mialy konfiguracje L
5. Analizujemy utworzona helise zwracajac na nastepujace sprawy:

• kierunek lancuchow bocznych w stosunku do glownego kierunku lancucha bialkowego
• kierunek grup karbonylowych w stosunku do osi helisy
• liczbe reszt przypadajacych na jeden zwoj helisy
• liczbe atomow tworzacych jeden “obwod” zamkniety przez wiazanie wodorowe

1. W identyczny sposob budujemy drugi model helisy
2. W obu lancuchach alaniny 1, 4 i 7 zamieniamy na leucyne

• analizujemy tworzenie sie 'zamka leucynowego' pomiedzy dwoma helisami
• badamy skretnosc tworzacej sie superhelisy