Cwiczenie 1

Unix - Internet - Netscape – Zasoby bioinformatyczne

 

Znajdujesz sie w Centrum Badan Biokrystalograficznych (CBB) w Instytucie Chemii Bioorganicznej (IBCh) PAN. Do Twojej dyspozycji sa trzy komputery – stacje graficzne firmy Silicon Graphics. Komputery te wlaczone sa do globalnej sieci komputerowej Internet laczacej komputery na calym swiecie. W sieci tej kazdy komputer ma swoja nazwe (a przynajmniej numer). Nasze komputery maja nastepujace nazwy:

valine

jest to komputer typu Octane

leucine

komputer typu Indy

alanine

komputer typu Indigo 2

glycine

komputer typu O2

Za pomoca tych nazw komputery moga sie kontaktowac lokalnie. Ich pelny i jednoznaczny adres w sieci globalnej brzmi nastepujaco:

valine.ibch.poznan.pl

nazwa_stacji.instytucja.miasto.kod_kraju

Kazdym z tych komputerow zarzadza specjalny program komputerowy zwany systemem operacyjnym. W naszym przypadku system ten nazywa sie Unix.

Na pewno zauwazyles, ze nasze komputery nosza angielskie nazwy aminokwasow. Biochemicy i biokrystalografowie posluguja sie skroconymi kodami na oznaczenie naturalnych aminokwasow (jest ich 20). Np.:

nazwa polska

nazwa angielska

kod 3-literowy

kod 1-literowy

glicyna

glicine

Gly

G

alanina

alanine

Ala

A

tryptofan

tryptophan

Try

W

leucyna

leucine

Leu

L

lizyna

lysine

Lys

K

treonina

threonine

Thr

T

cysteina

cysteine

Cys

C

fenyloalanina

phenyloalanine

Phe

F

izoleucyna

izoleucine

Ile

I

asparagina

asparagine

Asn

N

kwas glutaminowy

glutamic acid

Glu

E

Aby rozpoczac prace na komputerze nalezy otworzyc na nim sesje. Sesje mozna otworzyc lokalnie lub zdalnie.

Sesja lokalna

Otwieramy ja siedzac przy monitorze danego komputera. Poszukaj ikony swojej grupy (fakult). Dwa szybkie klikniecia lewym przyciskiem myszy rozpoczna proces logowania sie. Potrzebne jest teraz haslo (password). Bez jego podania system (Unix) nie udostepni Ci komputera. Z podaniem hasla wiaze sie

Zadanie 1. Haslo ma postac 1.KodKodKod. Kod to trzyliterowe kody aminokwasow zakodowanych jednoliterowo w trzech literach slowa cWICzenia.

Po zalogowaniu sie otrzymujesz (niebieskie) okno do pracy (komunikowania sie z systemem unix). Okienko to mozna przenosic (srodkowy przycisk myszy, kiedy kursor jest na gornym pasku okna), powiekszac/pomniejszac (lewy przycisk myszy lub male przyciski w lewym gornym rogu okna). Mozna rowniez otworzyc dalsze okna: z menu Toolchest wybierz Desktop, potem Login Shell.

Sesja zdalna

Mozna ja otworzyc np. na stacji valine siedzac przy komputerze leucine. Napisz:

telnet valine.ibch.poznan.pl

i odpowiedz na pytania podajac nazwe uzytkownika (fakult) oraz odpowiednie haslo. Zdalny dostep do komputerow mozliwy jest poprzez otwarcie pelnej sesji (telnet), ale takze poprzez protokol ftp (file transfer protocol) oraz innymi sposobami, np. poprzez przegladarki zasobow sieciowych (Net Browsers). Najpopularniejsza przegladarka jest

Netscape

Napisz netscape i poczekaj na otwarcie sie jego okna. Netscape od razu oferuje wiele opcji (przyciskow). Zapoznaj sie z nimi. Miedzy nimi jest Search pozwalajacy na wyszukanie dowolnej informacji we wszystkich zasobach komputerowych dostepnych na swiecie. Jednak o wiele lepiej przeszukiwac zasoby za pomoca wyszukiwarki GOOGLE:

http://www.google.com  

Zadanie 2. Sprobuj dowiedziec sie czegos o ludziach noszacych Twoje nazwisko. Pozniej sprawdz kim byl pan G. N. Ramachandran (nazwisko zwiazane z geometria bialek).

Pojawiajace sie w oknie Netscape informacje, to najczesciej strony www (World Wide Web). Tekst zaznaczony na niebiesko stanowi zwykle bezposrednie polaczenie (link) do kolejnej strony www zawierajacej pokrewne informacje. Ten sposób nawigacji po sieci umozliwia blyskawiczne dotarcie do kazdej informacji – po nitce do klebka. Na dodatek po odwiedzonych poprzednio stronach mozna poruszac sie bardzo szybko poslugujac sie przyciskami Back i Forward. Warto tez czesto uzywac przycisku Bookmark w celu zapamietania lub przywolania adresu konkretnej strony. Adresy te (URL – Universal Resource Locator) maja zwykle postac:

http://www.man.poznan.pl/CBB/   

Zadanie 3. W okienku Address wpisz powyzszy adres i zapoznaj sie ze strona www Centrum Badan Biokrystalograficznych. Znajdz blad lub nieprawdziwa/nieaktualna informacje na tej stronie!

Dalsze wiadomosci o systemie Unix, o sieci Internet, o przegladarce sieciowej Netscape i o innych narzedziach sieciowych zdobedziesz juz samodzielnie wedrujac po sieci. Dla wygody, oprocz okna Netscape, gdzie bedziesz wyszukiwal informacje, warto miec otwarte rowniez wolne okienko systemu Unix, gdzie bedziesz mogl sprawdzac nowe umiejetnosci. Do tego celu moze nawet sluzyc okno, z ktorego wystartowal Netscape; musisz jednak najpierw przesunac proces Netscape do tla systemowego (background ). Robi sie to bardzo prosto: w oknie, z ktorego wystartowal Netscape nacisnij Ctrl i z (^z). Zatrzymuje to chwilowo (zawiesza) aktualny proces. Proces ten mozna wznowic piszac fg (foreground) lub przeniesc w tlo bg i tym samym zwolnic okno. Nowo uruchamiany proces mozna od poczatku umiescic w tle za pomoca znaku & (ampersand), np. netscape&.

Oto kilka adresow http, od ktorych mozesz rozpoczac nauke poslugiwania sie systemem Unix, siecia Internet i przegladarka Netscape:

http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix (szczegolnie rozdz. 1,2,4,6,Help)

http://pps98.man.poznan.pl/ – links: Course Material – Section 1 – Internet Tutorial (lub jako link ze strony CBB)

Zadanie 4. W jakim kraju znajduje sie komputer, ktory odpowiada pierwszemu z tych adresow?

Zadanie 5. W swoim katalogu domowym utworz (sprawdz jak to zrobic) podkatalog grupa_n (numer grupy), a w nim za pomoca edytora jot zredaguj zbior odpowiedzi.1 zawierajacy odpowiedzi na wszystkie pytania i polecenia zawarte w ZADANIACH niniejszego cwiczenia.

W oknie przegladarki Netscape polacz sie z Bankiem struktur bialkowych PDB (Protein Data Bank) w Brookhaven (URL: http://www.rcsb.org/pdb/) lub z jego lustrzana polska wersja: http://pdb.icm.edu.pl/. Zapisz te adresy w swoim bookmarku (add bookmark).

Zadanie 6. W banku PDB wyszukaj informacje o okreslonych krystalograficznie strukturach mioglobiny ludzkiej (ang. human myoglobin)(grupa 1), bialko otoczki virusa HIV (ang. HIV capsid protein)(grupa 2), proteazy cysteinowej (cysteine protease)(grupa 3), asparaginazy (asparaginase)(grupa 4) lub cystatyny (ang. cystatin)(grupa 5). Ile jest takich struktur? Znajdz historycznie pierwsza z nich. Jaki jest kod PDB? Jaki jest odnosnik literaturowy do pierwszej publikacji na temat tej struktury?

Zadanie 7. Jesli chcesz zobaczyc sieciowa wersje cwiczen z Krystalografii Bialek i dowiedziec sie co Ciebie czeka w nastepnych tygodniach wpisz nastepujacy adres:

http://www.man.poznan.pl/~robster  

Aby zakonczyc sesje wystarczy z menu Toolchest wybrac Desktop a nastepnie Log Out i potwierdzic naciskajac Yes.