Przedmiotem działania Instytutu Ochrony Roślin jest prowadzenie prac naukowych, badawczo-rozwojowych, wdrożeniowych i upowszechnieniowych w zakresie ochrony roślin, a w szczególności:

• biologii, ekologii i szkodliwości mikroorganizmów, szkodliwej fauny oraz chwastów dla roślin uprawnych i płodów rolnych,
• warunków fizjograficznych występowania agrofagów, rejestracji i sygnalizacji ich występowania oraz opracowywania prognoz rozwoju ich populacji,
• wszystkich dostępnych metod zapobiegania występowania agrofagów i ich zwalczania,
• szacowania strat w plonach roślin uprawnych powodowanych przez agrofagi oraz oceny skuteczności biologicznej i efektów ekonomicznych stosowania zabiegów ochrony roślin,
• oceny przydatności środków ochrony roślin przed ich dopuszczeniem do obrotu i stosowania,
• kontroli pozostałości środków ochrony roślin w produktach pochodzenia roślinnego, glebie i wodzie,
• kontroli jakości stosowanych środków ochrony roślin,
• oceny przydatności aparatury do wykonywania zabiegów ochrony roślin,
• opracowania podstawowych metod utylizacji przeterminowanych środków ochrony roślin, opakowań po nich i odpadów pestycydowych,
• zapobiegania szkodliwym skutkom chemizacji rolnictwa i jej wpływ na agrocenozy,
• określania asortymentu środków ochrony roślin stosowanych w strefach ochrony wód pitnych,
• koordynacji działań i prowadzenia procedur dopuszczania do obrotu i stosowania środków ochrony roślin dla potrzeb rolnictwa, ogrodnictwa i leśnictwa,
• opracowywania metod diagnostycznych i metod zwalczania gatunków kwarantannowych,
• gromadzenia, identyfikacji i przechowywania patogenów roślin uprawnych w Polsce wraz z wymianą międzynarodową.