Ochrona roślin jest nauką interdyscyplinarną i Instytut Ochrony Roślin współpracuje w realizacji swoich zadań z wieloma placówkami naukowymi w kraju i zagranicą.

Instytut działa aktywnie w Europejskiej Organizacji Ochrony Roślin, a także jest członkiem Międzynarodowej Organizacji Biologicznego Zwalczania i innych organizacji i towarzystw naukowych. Pracownicy Instytutu są członkami wielu Komitetów Naukowych, Rad Naukowych, Komitetów Redakcyjnych oraz władz organizacji i towarzystw naukowych w kraju i za granicą.