Instytut Zachodni w swoich badaniach naukowych zajmuje się:

• miejscem i rolą zjednoczonych Niemiec w świecie współczesnym z uwzględnieniem historii, ideologii programów, form organizacyjnych, partii politycznych i organizacji społecznych, problemów ekonomicznych i bilateralnych stosunków na tle ogólnych relacji Wschód-Zachód,
• procesami integracji europejskiej.