COBORU prowadzi stałą współpracę z takimi krajowymi placówkami naukowymi jak: IOR Poznań, Instytut Ziemniaka Bonin, AR Poznań, PAN Poznań, ISK Skierniewice oraz IMGW Warszawa.

Wśród zagranicznych placówek badawczych, z którymi utrzymuje regularną współpracę wymienić warto: Międzynarodowy Związek Ochrony Nowych Odmian Roślin (UPOV), którego Polska jest członkiem od 1989 r. oraz Europejskie Stowarzyszenie Badań nad Ziemniakiem (EA PR).

Dwustronne porozumienie o współpracy naukowo-technicznej podpisano z następującymi krajami: Wielka Brytania, Francja, Niemcy, Austria, Czechy, Węgry, Słowacja, Rosja, Ukraina, Białoruś, Litwa, Łotwa.